La Bahía de Santander, marismas internas, islote de Mouro y Cabo Mayor configuran una de las áreas importantes para las aves acuáticas y marinas en el norte de España. El intermareal y la franja litoral tiene gran importancia para los invertebrados y alevines de peces, y alojan praderas de Zostera marina. Las lagunas de agua dulce suponen uno de los últimos hábitats importantes para invertebrados acuáticos y anfibios.
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